Você só pode usar dois eixos diferentes 'em um gráfico do Excel.
Então, como você mencionou, você precisaria manipular os dados para mostrar porcentagens relativas.
Ou o que é fazer é manter os dados limpos e criar um subconjunto usando o método de porcentagem e plotar seu gráfico com o subconjunto, ocultar o subconjunto e mostrar os dados reais ao lado do gráfico.