O mais provável é que ainda existam arquivos no RAMDisk que não estão vinculados em nenhum diretório, então você não pode vê-los olhando para as pastas.
Como é o caso dos sistemas de arquivos mais modernos, o NTFS controla quando os arquivos são excluídos internamente. Você não pode dizer para excluir um arquivo, apenas para remover um arquivo de um diretório. Se um arquivo não estiver em nenhum diretório, ele poderá ser excluído quando não estiver mais aberto em nenhum processo. Mas enquanto ainda estiver aberto, não será apagado.
Você pode usar ferramentas como Process Monitor para ver que processo (es) tem arquivos abertos na unidade. Pesquise todas as alças por Z: .
Você também pode querer usar uma ferramenta como WinDirStat apenas no caso de haver arquivos que você não possa ver.