Claro. Executar:
REG ADD HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\AnyText /v UninstallString /t REG_SZ /d "C:\Program Files\Whatever\Uninstall.exe"
(Ou use o RegEdit.)
O "AnyText" pode ser um GUID ou qualquer outro texto. O Windows simplesmente verifica as subchaves em Desinstalar
Quanto à criação de um GUID, não há maneira oficial. Um GUID significa "Global Unique Identifier". Pelo menos oficialmente. Na minha opinião, é melhor pensar nisso como "Globally Unique-ish Identifier". A ideia é que tem tantos dígitos, que a randomização efetiva provavelmente criará um número tão único que ninguém mais conseguirá o mesmo número. (Ou, mesmo se o fizessem, se alguma grande agência governamental em Londres tivesse o mesmo GUID que o porão de alguma pessoa em Moscou, a probabilidade de eles perceberem é tão baixa que eles nunca saberão.) Não há banco de dados central que você precisa se registrar para usar um GUID, e as pessoas podem usar métodos diferentes se quiserem, contanto que o resultado final seja tão exclusivo que ninguém mais acabe com o mesmo GUID.
Pode haver algumas ferramentas que geram GUIDs, como alguns ambientes de programação que criam arquivos executáveis, mas como ela é muito descentralizada por natureza, não há motivo para usar tal coisa.