Os três arquivos que você possui são destinados a diferentes usos.
/etc/php/5.6/cli/php.ini é para o programa PHP CLI, que você encontrou executando php no terminal.
/etc/php/5.6/cgi/php.ini é para o sistema php-cgi que não é especificamente usado nesta configuração.
/etc/php/5.6/apache2/php.ini é para o plugin PHP usado pelo Apache. Este é o que você precisa editar para que as alterações sejam aplicadas à sua configuração do Apache.
/etc/php/5.6/fpm/php.ini é para o processador php5-fpm , que é um 'wrapper' compatível com fastcgi para processamento PHP (como passar do NGINX para php5-fpm ) e é executado como um processo independente no sistema (diferentemente de o plugin do Apache PHP)
Para versões do Ubuntu inferiores a 16.04,
/etc/php/5.6/,/etc/php/7.0/,/etc/php/7.1/e assim por diante são substituídos por/etc/php5/e assim por diante. Caso contrário, esses caminhos permanecem precisos. Adapte isso de acordo com seu ambiente, substituindo o5.6ou o número pela pasta da versão atual que existe em seu ambiente.