Você precisa de um bootloader complicado, antes que o DOS seja carregado para conectar-se ao Bios e trocar os ID's.
Eu costumo usar o bootloader Plop , que pode fazer isso e outras coisas interessantes também.
(Como permitir que um computador sem suporte à inicialização por USB inicialize a partir de um pendrive).
Provavelmente há outros por aí também, mas não me lembro de nenhum exemplo específico no momento.