Este conjunto de comandos deve colocar todos os arquivos em um diretório no diretório de nível superior - para que todos os arquivos da Pasta 1 sejam colocados diretamente na Pasta 1 e todos os arquivos da Pasta 4 sejam colocados diretamente na Pasta 4.
Você precisará modificá-lo para obter a configuração exata descrita na pergunta, mas esperamos que seja um bom começo. Além disso, sou relativamente novo no script em lote, então teste isso em alguns diretórios e arquivos temporários e sem importância antes de tentar fazer qualquer coisa nos dados reais .
dir /ad /b *your current directory* > dirs.txt
for /F "eol=" %i in (dirs.txt) do @echo dir /a-d /b /s %i ^> %i.txt >> script.bat
.\script.bat
for /F "eol=" %j in (dirs.txt) do for /F "eol=" %i in (%j.txt) do @move %i %j
Crédito para esta pergunta para explicar como recursivamente listar apenas arquivos e esta questão para explicar como usar um loop for com um arquivo de texto.