How does keyboard layout (switched in Windows for e.g. by Alt+Shift) relates to character encoding?
Isso não acontece.
How to determine what charset encoding is currently used in Windows?
O SO e os programas mais modernos sempre usam o Unicode. (Para representação de byte, o Windows usa o UTF-16, mas outros programas geralmente usam o UTF-8 ... é Unicode nos dois sentidos.)
Programas mais antigos (usando o modo "ANSI") usam uma codificação apropriada para qualquer codificação enviada em Configurações Regionais, em "Codificação usada por programas não-Unicode" . Normalmente, é necessário que uma reinicialização seja alterada (embora haja uma ferramenta AppCompat para fazer isso de uma maneira melhor). Felizmente você quase nunca precisa mudar isso.
Naturalmente, programas como editores de texto ainda podem tomar suas próprias decisões sobre como escrever arquivos - por exemplo, Até mesmo o Notepad tem um menu suspenso de codificação de caracteres em sua janela "Salvar como ...".
Muitos outros formatos, como .docx , sempre usam Unicode.