Sim, os pontos de acesso no mesmo canal interferirão entre si, no sentido de que, se estiverem próximos o suficiente um do outro, somente um remetente poderá usar o canal. O outro ponto de acesso (e outras estações nesse canal) detectará isso e ficará em silêncio por aquela fatia de tempo (frame). Então, ambos funcionarão, mas você terá uma redução na largura de banda quando ambos estiverem em uso.
Portanto, escolha os dois APs mais distantes e dê a eles o mesmo canal.
A redução de energia automática ou manual reduz esse tipo de interferência, assim como várias antenas com beamforming.
Em dúvida, medida: existem, por exemplo aplicativos de smartphones que podem mostrar a intensidade do sinal de todos os APs que seu telefone pode receber atualmente.
Como toda a comunicação WLAN usa um número de canais (4, ou mesmo 8 para 802.11n com maior taxa de transferência), ter dois APs no canal 1 ainda é muito melhor do que, digamos, ter um AP um canal 4: irá interferir ambos com os APs no canal 1 e no canal 6.
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Se você quiser entender o papel do SSID: Isso é apenas informação na transmissão regular ("beacon") enviada pelos APs, e um campo de dados em alguns dos pacotes de gerenciamento. Ele permite que o cliente WLAN escolha o AP com o qual deseja se associar e ajuda a resolver diferentes "redes" (seu e do seu vizinho, por exemplo) no nível do protocolo, mas isso é tudo.