Claro que encontro a resposta menos de 5 minutos depois de fazer a pergunta. Postando a resposta aqui para referência futura dos outros.
Parece que foi causado por um erro de configuração feito com a seguinte ferramenta: link
Carreguei um backup das configurações originais do TCP / IP, apliquei-as e reinicializei e agora posso me conectar muito bem com o ambiente de trabalho do MySQL.
Se você está tendo o mesmo problema e não usou o TCP / IP Optimizer do SpeedGuide, talvez seja outro programa, ou vírus, que está com a pilha TCP / IP no registro.