Você pode salvar a seguinte linha em um novo arquivo de lote (.cmd ou .bat):
FOR %%A in (C:\Temp\A\*) DO MOVE C:\Temp\B\%%~nxA C:\Temp\X\
Agora você tem todos os arquivos de A, que estão presentes em B, para serem movidos de B para uma nova pasta X. Faça uma inspeção visual para garantir que tudo está OK e, em seguida, exclua B manualmente.
Você também pode executar esse comando a partir do CMD, mas deve deixar um único sinal de porcentagem em vez de dois.
Tenha muito cuidado, pois um único caractere ausente pode comer todos os seus arquivos B. Eu corri o comando assim primeiro, para ter certeza de que é seguro:
FOR %%A in (C:\Temp\A\*) DO ECHO MOVE C:\Temp\B\%%~nxA C:\Temp\X\