Para evitar que pessoas executem um programa em / tmp, você precisará usar algo como Apparmor ou mais comumente SELinux . Dependendo do acesso de seus usuários (ou seja, quais aplicativos eles usam), você pode achar mais fácil despejá-los em uma jaula chroot ou, se seu PHP, modificar o php.ini para evitar a execução de arquivos de certos locais e chamadas de shells.