A velocidade será a mesma - o fator limitante é a interface USB 3.0. No entanto, eu iria com USB-C pelas seguintes razões:
Compatibilidade anterior - meu novo laptop não tem porta USB, apenas USB-C, então quando você substitui o seu, não é necessário substituir o hub (vejo isso como uma tendência importante, mas o YMMV é baseado no seu OEM)
Plataforma cruzada - o USB-C está no Apple HW e nos PCs
Facilidade de uso - o conector vai em qualquer direção