Sim, se o explorer.exe não for seu shell, a chave mencionada (e outra) não será executada. Se você precisar dessa função, o Windows Embedded 7 tem um pacote "Prompt de Comando com Suporte a Shell Personalizado".
Shell Launcher enables you to replace the Explorer shell with a custom shell. Shell Launcher enables you to concentrate on your custom shell application while Shell Launcher handles issues such as executing the Run and RunOnce registry keys and restarting the custom shell if it crashes
Por outro lado, não queremos executar a chave runonce com nosso shell personalizado. Isso faz parte do endurecimento do sistema contra ataques de vírus. Então, não usamos o pacote mencionado.