Existem dois casos:
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1 - se os comutadores fossem 100Mbit, como o roteador, ambos os switches deveriam estar conectados ao roteador, caso contrário o link entre o roteador e o primeiro switch ficaria saturado.
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2 - seu caso atual - como os comutadores são 1GBit, conecte o segundo SW ao primeiro SW para que você obtenha pelo menos o benefício de velocidade de gigabit entre os dispositivos de LAN conectados neles.
Meu conselho geral é obter um roteador gigabit e usar o caso 1.