Isso é o que você precisa:
@echo off
set LOCAL_ROOT=%~dp0
setx BOOST_ROOT="%LOCAL_ROOT%boost"
REM the next two lines are for debugging, remove from final batch file:
echo %BOOST_ROOT%
pause
Como alternativa, sem declarar a primeira variável:
@echo off
setx BOOST_ROOT="%~dp0boost"
Você não precisa das aspas ao declarar LOCAL_ROOT , e seu código parece ter alguns erros de formatação. Lembre-se de que %~dp0 inclui uma barra invertida final.