Suponho que você possa usar a autenticação sem senha das chaves SSH. Nesse caso, você pode criar um script, que usaria o SSH (SCP) para carregar apenas arquivos / diretórios selecionados.
Há um pequeno exemplo:
#!/bin/bash
cd /my/dir
# following copies specified dir recursively
scp -r ./thisdir user@servername:/final/path/
# following copies only the specified file
scp ./otherdir/myfile user@servername:/final/path/otherdir/