O uso do systemd no initramfs é independente do sistema principal. Com o mkinitcpio do Arch, o initramfs baseado em shell tradicional ainda é o padrão (e um pouco melhor mantido do que a variante systemd). Qual tipo é usado depende de quais ganchos você especifica e pode ser alterado a qualquer momento após a instalação.
Em outras palavras, use sd-encrypt somente se você já colocou systemd na lista de hooks. Em todos os outros casos, use o encrypt normal.