Por favor, tente a opção -config.
Na página do CertReq.
"Processa a operação usando a CA especificada na cadeia de configuração, que é CAHostName \ CAName. Para uma conexão https, especifique o URI do servidor de registro. Para a CA da loja de máquinas local, use um sinal de menos (-)."
Por exemplo:
certreq -new "$INFPath" "$CSRPath"
certreq -submit "$CSRPath" "$CERPath" -config ca1.timhaintz.com\ca1
Obrigado, Tim.