Sim, é um "recurso" do processo de atualização do Windows para redefinir a permissão em arquivos, pastas e chaves do Registro. Embora seja possível evitar isso, descobri que isso pode impedir que as atualizações do Windows sejam concluídas corretamente ... nunca mais! Mesmo a restauração de uma imagem de disco não corrigiu as atualizações do Windows (o que pareceu estranho para mim), então o Windows teve que ser reinstalado.
Talvez seja melhor usar uma pasta em uma unidade que não seja de inicialização ou dentro de sua própria pasta de usuário, o que (até agora) não mudou.
Você também deve estar seguro em uma das pastas especiais do Windows, por exemplo, Documentos , apesar de poder ser montado no momento da atualização. Estes podem ser alterados para outra unidade, para proteção adicional.