A ferramenta de linha de comando mais apropriada é o utilitário ffmpeg disponível para ser instalado através do centro de software / gerenciador de sinápticos.
Um exemplo de linha de comando seria algo assim para o modo de taxa de bits constante (CBR):
ffmpeg -i inputfile.m4a -c:a libmp3lame -ac 2 -b:a 190k outputfile.mp3
Ou ainda melhor para o modo de taxa de bits variável (VBR):
ffmpeg -i inputfile.m4a -c:a libmp3lame -ac 2 -q:a 2 outputfile.mp3
Mais informações sobre codificação mp3 com o FFmpeg podem ser vistas aqui: