Sim. Você pode apenas desconectar o disco rígido do Windows e instalá-lo como seu "único" sistema operacional na outra unidade. Siga qualquer guia de instalação que você deseja.
Com ambas as unidades conectadas, você poderá selecionar qual unidade inicializar usando o BIOS. Também pode ser possível usar o GRUB, mas com unidades separadas provavelmente seria mais problema do que vale a pena. Seu BIOS deve permitir que você escolha seu dispositivo de inicialização padrão na configuração. Quando você quer inicializar o seu dispositivo de boot secundário, a maioria dos BIOS diz algo como "Pressione F12 para selecionar o dispositivo de inicialização".