Se tudo funcionar bem na linha de comando, você poderá copiar seus arquivos para outra unidade usando o comando xcopy (o link é para xp, mas ainda deve ser aplicado).
No entanto, esteja ciente de que, como o sistema operacional infectado está em execução, o vírus ainda pode interferir no processo. Seria melhor usar algum live linux, inicializado a partir do cd ou usb e copiar de lá. Por este caminho, você também tem uma GUI e não há problemas com a segurança do NTFS. Outra alternativa seria remover o disco rígido e conectá-lo a outro computador. Novamente, o Linux seria ótimo para sua segurança.