Pelo que entendi esse bug , os downloads são realmente retomados, mas a interface do usuário não reflete bem isso. Se isso não estiver acontecendo, provavelmente vale a pena registrar outro bug.
Nesse meio tempo, se não estiver funcionando para você, sugiro que você faça o download do arquivo problemático usando um programa que você sabe que funciona e, em seguida, instale-o localmente (como dnf install ~/Downloads/xonotic*.rpm
).