Abra o gerenciador de tarefas do Windows (Ctrl + Shift + Esc) e observe os recursos do sistema (uso de CPU, RAM e DISCO). Se um deles estiver com clock de 100%, verifique o culpado.
Normalmente, é o HDD que causa essa lentidão na inicialização. Se nenhum deles tiver mais de 90%, a melhor aposta será verificar a integridade do seu disco rígido.