Simples, o VBA tem uma cláusula If
que pode verificar uma condicional.
Basta substituir {CELL} pela célula que você deseja verificar:
If Range("{CELL}") > 0 Then
Range("SUM!F3") = Range("SUM!F3") + Range("Afternoon!N4")
Range("SUM!E3") = Range("SUM!E3") + Range("Afternoon!E4")
End If