O daemon de transmissão é executado como o usuário debian-transmission . Este usuário (provavelmente) não tem permissão para gravar em /home/pi/Desktop . Você pode verificar isso com ls -ld /home/pi/Desktop e interpretar a saída.
Altere as permissões / propriedade em /home/pi/Desktop ou deixe o download da Transmissão em um arquivo no qual é permitido armazenar dados.
Você pode conceder debian-transmission de acesso à pasta com chown ou setfacl . Caso você não esteja inclinado a fazer qualquer pesquisa sobre isso, o seguinte provavelmente funcionará:
$ setfacl -m u:debian-transmission:rwX /home/pi/Desktop