Dado que você tem um script em lote, a maneira mais fácil é simplesmente alterar as dimensões da linha de comando dentro do próprio script em lote.
O comando para alterá-los é o seguinte:
mode con cols=200 lines=50
Você também pode usar isso para tornar a janela muito pequena, mas há um mínimo. Vá para baixo e o comando é simplesmente ignorado, dando o seguinte erro: The screen cannot be set to the number of lines and columns specified.
A quantidade mínima de linhas é 1, colunas é 15.
Como alternativa, você também pode digitar os números:
mode 200,50