Qualquer backup de arquivos não salvos no Notepad ++ será encontrado em:
%AppData%\Notepad++\backup
Suas guias abertas são rastreadas em um arquivo. Portanto, a última instância a ser aberta será a última a gravar nesse arquivo. Você pode tentar recuperar versões anteriores de suas configurações se tiver habilitado em um nível de SO.
Você recuperaria a última versão válida desta pasta:
%AppData%\Notepad++\
Senão, seu último recurso é simplesmente abrir novamente esses arquivos. Eles ainda existem.