O Greyhole trabalha movendo o arquivo real que você adiciona aos seus compartilhamentos em outro (s) drive (s). Assim, uma vez que Greyhole mova o arquivo e deixe um link simbólico em /var/hda/files/ , se seus usuários não tiverem as permissões necessárias para acessar o arquivo que está agora em outra unidade, esses usuários poderão ler o symlink, mas não seu alvo, e assim o arquivo será escondido pelo Samba.
Faça login como um usuário problemático (usando o SSH; use sudo , se necessário) e vá em um link simbólico em /var/hda/files/ que esse usuário não vê no compartilhamento. Observe o alvo desse link simbólico e tente acessar esse arquivo. Você provavelmente vai achar que você não pode. Você provavelmente precisará chown/chmod -R de todas as suas unidades de dados (aquelas que ainda estão montadas em /var/hda/drives ?)
Atualização: Eu adicionei uma página no wiki sobre isso, com exemplos: link
Atualização 2: Tente isso:
$ chown -R gb:users /var/hda/files/drives/*
$ find /var/hda/files/drives/* -type d -exec chmod 775 "{}" \; # Permissions for directories
$ find /var/hda/files/drives/* -type f -exec chmod 664 "{}" \; # Permissions for files
Altere gb:users , 775 e 664 conforme necessário.