clockdiff
fornece resolução de 1 ms e a página man não menciona nenhuma tentativa de levar em conta a latência e o jitter da rede.
ntpq
é parte de ntp
e acredito que seja capaz de trabalhar com resolução de nanossegundos. Mais importante, ntp
possui algoritmos bem desenvolvidos e sofisticados para lidar com a latência e o jitter.
Poucas pessoas precisarão de resolução melhor que milissegundos, é claro.