É porque, ao gerar a chave de criptografia (que é baseada na sua senha), há um fator aleatório envolvido.
Praticamente, arquivar os mesmos arquivos na mesma taxa de compactação sem criptografia deve resultar em arquivos idênticos, enquanto o arquivamento dos mesmos arquivos na mesma taxa de compactação com criptografia deve resultar em arquivos diferentes.