Alguns informam que funcionará, mas essa ainda é uma grande mudança para uma parte MUITO importante do Windows, e não uma que seja oficialmente suportada de alguma forma.
A melhor ideia seria encontrar as partes das aplicações que estão ocupando mais espaço e migrá-las. Ou mova aplicativos específicos usando Symlinks em vez dos arquivos de programas inteiros.
Os benefícios disso são que, no caso de algo dar errado, você está perdendo apenas esse aplicativo e não o diretório inteiro de Arquivos de Programas.