Isso pode não ser nada mais do que o Windows desativando uma das unidades porque ela não está em uso. Edite seu plano de energia atual para nunca desligar discos rígidos e, se o problema desaparecer, você terá sua resposta.
Além disso, como observou @Bob, alguns discos rígidos são desligados automaticamente (o que necessariamente envolve o estacionamento das cabeças) após um período de inatividade. Isso acontece independentemente de qualquer configuração de gerenciamento de energia configurada. Essas unidades geralmente são marcadas como "verdes" ou "de baixa potência". Se você tiver essa unidade, garantir que ela receba alguma atividade a cada poucos minutos por tempo suficiente para mantê-la ativa enquanto ouve o ruído de clique é uma boa maneira de determinar se essa é a origem desse som.