É melhor jogar com segurança e desconectar a unidade de 1 TB enquanto faz a recuperação. Independentemente do que deveria acontecer, eu diria que só deve ajustar o primeiro disco, por que chance.
Isso pressupõe que a recuperação cobriu apenas o sistema operacional principal. Se a sua recuperação também incluiu o sobressalente, o que nem sempre é o caso, isso pode causar problemas com a recuperação. Isso vai estar em você, para saber se isso acontece ou não. No pior dos casos, você tenta desconectá-lo e ele falha. Reconecte e tente novamente.
O mais provável é que esta seja uma recuperação mais antiga e o 1TB tem arquivos mais recentes? Em seguida, exporte esses arquivos com um CD ao vivo, se necessário.