Um loop bash simples:
for f in thumb/*.jpg;do cp img/$(basename $f) thumb;done
( basename
retorna o nome do arquivo com todos os componentes de diretório removidos).
Por exemplo, eu tenho dois diretórios com as seguintes estruturas
Diretório 1
./img/1.jpg
./img/2.jpg
./img/3.jpg
./img/4.jpg
Diretório 2
./thumb/1.jpg
./thumb/2.jpg
./thumb/3.jpg
Como copiar somente os arquivos correspondentes de ./thumb (1.jpg, 2.jpg, 3.jpg) de ./img para ./thumb?