Quando você reformata um disquete, não importa o que estava originalmente no disco ou se ou como o disquete foi formatado antes: Durante a formatação, tudo o que estava no disquete é sobrescrito.
Portanto, se você não puder formatar o disco, independentemente do sistema operacional, o disquete em si é ruim ou a unidade está com problemas. Supondo que você realmente formate ele, e não tente simplesmente escrever novos dados ou um novo sistema de arquivos.
Não importa que você possa ver o disco no explorador de arquivos: A leitura de um disquete ruim ainda pode funcionar, pelo menos para alguns setores / trilhas, enquanto gravá-los ou, mais provavelmente, outros setores / faixas não trabalho.