Como você sabe, os arquivos instalados pelo gerenciador de pacotes serão instalados em /usr , /bin , etc. Se você estiver instalando algo manualmente, deverá colocá-lo em: /usr/local .
Portanto, no seu caso, em vez de usar /usr/share , você deve usar /usr/local/share para colocar seus arquivos, este caminho não será afetado pelo gerenciador de pacotes Debian.
Você pode encontrar mais informações usando: man hier e pesquisando por /usr/local .