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GNU make knows how to execute several recipes at once. Normally, make will execute only one recipe at a time, waiting for it to finish before executing the next. However, the ‘-j’ or ‘--jobs’ option tells make to execute many recipes simultaneously. You can inhibit parallelism in a particular makefile with the .NOTPARALLEL pseudo-target (see Special Built-in Target Names).
A questão que você precisa perguntar não é se o MAKE pode tirar proveito de vários threads, mas se você PRECISA para tirar proveito disso. A (s) aplicação (ões) estão fazendo o tipo que pode ser compilado em várias receitas discretas por MAKE?
Embora, para ser honesto, seja excepcionalmente difícil encontrar um processador não multicore hoje, então por que até mesmo a pergunta? Se você for orçamento, seu computador provavelmente terá pelo menos 4 unidades de processamento lógico.
O restante da pergunta não é algo que possamos responder aqui: que tipo de carga seus aplicativos colocarão em um servidor MAKE?