Eu baixei o GNU Sed para Windows apenas para testar isso e descobri que você não precisa escapar qualquer coisa para ele funcionar dentro de um arquivo .bat . Aspas " e seus conteúdos são interpretados corretamente.
test.txt contents:
Test0 WRITE;
Test1 WRITE
Test2 WRITE;
test.bat contents:
sed -i "s/WRITE;/WRITE; TRUNCATE TABLE 'Team_matchdayResults';/g" test.txt
Novo conteúdo de test.txt , depois de executar test.bat :
Test0 WRITE; TRUNCATE TABLE 'Team_matchdayResults';
Test1 WRITE
Test2 WRITE; TRUNCATE TABLE 'Team_matchdayResults';
Você experimentou o Cygwin ? Ele permite a execução e o script de comandos comuns do UNIX no Windows.