A solução simples seria usar links simbólicos que são configurados durante o login após a criação de ambos os usuários com o mesmo grupo e diretório inicial e um umask de 0002.
Em seguida, crie os subdiretórios $HOME/home e $HOME/work e crie ou mova para lá os diretórios que você deseja que sejam independentes (por exemplo, mv $HOME/Documents $HOME/home , mkdir $HOME/work/Documents , etc).
Agora, em um de seus scripts de login (por exemplo, $HOME/.bashrc ), verifique qual o login que você está usando e faça os links: -
if "$(whoami)" == "WorkName"
then ln -sf "$HOME/work/Documents" "$HOME/Documents"
......
else ln -sf "$HOME/home/Documents" "$HOME/Documents"
......
fi
Isso, como eu disse, é a solução simples, mas sua principal desvantagem é que, se você fizer logon simultaneamente como o outro usuário (usando Ctrl-Alt-Fn , sudo -s , ssh ), isso afetará uma sessão existente se é um login interativo ou acessa os diretórios errados, se não.
A única maneira que vejo em torno disso é ter diretórios pessoais separados para cada login e configurar links para cada arquivo e diretório que você deseja compartilhar, mas isso envolverá muito mais links e implicará vigilância constante como cada novo arquivo ou diretório compartilhado é adicionado, por exemplo, na instalação de novos pacotes de software.