atualizado
rm -f executed.log
echo ".profile starting" >> executed.log
if [ $(whoami) != "root" ]
then
echo "$(setxkbmap -v)">> executed.log
echo "$(setxkbmap -layout "us" -variant "altgr-intl" -option "ctrl:nocaps")"
echo "setxkbmap executed" >> executed.log
echo "$(setxkbmap -v)">> executed.log
fi
verifique se há correção pequena. Verifique a cotação reversa.
Quando você faz login na GUI. Sua tomando setxkbmap como uma string. Você tem que usar a citação reversa para dizer tratar esses caracteres como um comando.