O que você quer é rsync
:
$ cd -- "$(mktemp --directory)
$ mkdir A B
$ touch A/File\ {1,2,4,5}
$ touch B/File\ {1,2,3,5}
$ rsync -a A/ B
$ rsync -a B/ A
$ ls A B
A:
'File 1' 'File 2' 'File 3' 'File 4' 'File 5'
B:
'File 1' 'File 2' 'File 3' 'File 4' 'File 5'
rsync
irá transportar apenas os arquivos necessários para sincronizar os diretórios. Ao contrário de outras ferramentas * nix, a barra após o nome do primeiro diretório é significativa - indica que o conteúdo do diretório de origem, em vez do próprio diretório, deve ser copiado.