O primeiro passo para diagnosticar isso seria executar testes S.M.A.R.T no disco - algo como
sudo smartctl -A /dev/sdX
Para ver o que é auto reportado. Você também pode querer fazer longos testes em disco e ver o que eles dizem - embora provavelmente não muito.
Também pode valer a pena informar que tipo de discos você está usando. Um tempo atrás eu estava usando 2 discos regulares que pareciam ter problemas semelhantes - não me lembro os sintomas exatos ou mensagens, mas, eventualmente, atribui isso a eles não serem compatíveis com o RAID. Existem diferenças entre as unidades de desktop padrão e as unidades de classe RAID / Enterprise com relação ao tratamento do RAID - até mesmo o RAID do software MDADM.