Existe um aplicativo de linha de comando útil chamado xdotool
que, entre outras coisas, permite que você envie pressionamentos de teclas.
Assim - para mimetizar Controle + Alt + D (ou Super + D , ou qualquer que seja a combinação que você precisa), você pode usar um dos seguintes comandos:
xdotool key ctrl+alt+d
xdotool key ctrl+super+d
xdotool key super+d
Para instalar:
sudo apt-get install xdotool