Eu estava passando pelas preferências do sistema e deparei com essa opção chamada como Direção de rolagem. Por padrão, é verificado, ou seja, a opção é definida como Natural. Se eu desmarcar a opção, o comportamento da roda do mouse é o mesmo das janelas.
PS: Eu deveria ter explorado isso antes de fazer a pergunta aqui. Espero que esta resposta seja útil para outras pessoas que possam ter a mesma pergunta :) Obrigado.