Não há risco. Dependendo de quais tampas você está falando, enquanto a placa está operando, elas estão a) constantemente sendo parcialmente carregadas e parcialmente descarregadas muitas dezenas de milhares de vezes por segundo, ou b) permanecendo bem próximas da carga o tempo todo. O fato de eles já estarem parcialmente carregados na inicialização, mesmo se a inicialização seguir imediatamente o desligamento, não é um problema.
O atraso na ativação que você teve foi muito mais provável devido ao estado da fonte de alimentação, e não a qualquer coisa acontecendo na placa-mãe, de qualquer forma. Você não precisa se preocupar com o estado das tampas na fonte de alimentação, a menos que você esteja desmontando-a.