Se você sabe quantas linhas deseja, a maneira mais simples é colocar 1 em A2 e 2 em A3. Hightlight tanto A2 e A3 e, em seguida, mova o mouse para o canto inferior direito da caixa de seleção e arraste para baixo.
Em seguida, "continuará" a seleção e a próxima linha será 3, 4, 5 e assim por diante.
Se você precisar deles nesse formato específico (001, 002, 003), basta selecionar todas as linhas e formatar as células para "Personalizado" e inserir 000, e elas serão exibidas de acordo.