Steven,
Sou engenheiro na equipe do 3D Builder.
A dor que você sente é uma limitação do aplicativo UWP. Todos os aplicativos UWP não podem acessar o sistema de arquivos diretamente. Se um arquivo for necessário, ele deve ser selecionado pelo usuário por meio do prompt do explorador de arquivos. O aplicativo não pode procurar na mesma pasta que o arquivo obj original porque ele não tem permissões.
Por outro lado, poderíamos nos lembrar melhor da pasta em que você abriu o arquivo original e de abrir mais prompts no mesmo local.
Obrigado por nos informar!