Acho que o caminho a seguir é definir a senha no preseed. Desta forma, o disco é criptografado com uma senha conhecida. Então depois da instalação. Avisar o usuário para "rekey". O esquema de criptografia do Luks tem alguns slots de frase secreta por padrão. Aquele que você configurar no preseed pode ser removido como parte da ação de rekeying.
Mais aqui:
Como alterar a senha de um sistema LVM criptografado (feito com a instalação alternativa)?