Tente baixar o tema aqui: link .
Este funciona perfeito para mim.
Passos (como no Ubuntu):
- Fazer o download
- Extrair
- mova a pasta extraída para
/usr/share/phpmyadmin/themes
- Abra
phpmyadmin
do navegador da web - selecione o tema Metro nas opções
Feito! Simples e fácil.